Το δεύτερο μισό της δεκαετίας του '90 μέχρι και τις αρχές της νέας χιλιετίας ήταν τα καλύτερα χρόνια για το κιτρινόμαυρο βόλεϋ. Η ομάδα όχι μόνο συμμετέχει ανελλιπώς στην Α1, αλλά πρωταγωνιστεί και μάλιστα κερδίζει και το εισιτήριο για τα Ευρωπαϊκά Κύπελλα το 1998/99 καταλαμβάνοντας την 5η θέση, ενώ κερδίζοντας στον ημιτελικό τον Πανελλήνιο με 3-1 φτάνει και στον τελικό του Κυπέλλου Ελλάδας όπου χάνει από τον Ολυμπιακό με 3-1.

Το 2000, η ΑΕΚ με προπονητή τον Στέλιο Προσαλίκα φτάνει στο απόγειο της, καθώς προκρίνεται στο final-4 του Κυπέλλου Κυπελλούχων. Οι αγώνες διεξάγονται (9-10 Μαρτίου) στο κλειστό των Νέων Λιοσίων και η Α.Ε.Κ. έχασε στον ημιτελικό από την Κούνεο, αλλά κέρδισε με 3-1 την Γαλατασαράϊ στον μικρό τελικό και κατέκτησε την 3η θέση.

 Δυστυχώς από τότε άρχισε η κάμψη και την περίοδο 2001/02 η ομάδα μας υποβιβάζεται στην Α2. Στο τελευταίο επίσημο ματς που δόθηκε στο κλειστό Γιώργος Μόσχος η Α.Ε.Κ. κερδίζει το Παγκράτι και πανηγυρίζει το πρωτάθλημα και την επιστροφή της στην Α1. Όμως δε θα καταφέρουμε να σταθούμε στη μεγάλη κατηγορία καθώς υποβιβαστήκαμε ξανά. Τα τελευταία δυο χρόνια η ομάδα αγωνιζόταν στην Α2, αλλά κατέκτησε το πρωτάθλημα του 2005/06 και από την περίοδο 2006/07 θα επιστρέψει στην Α1.
Την περίοδο 2006/07, η Α.Ε.Κ. παίζει στα play offs και κατακτά την 7η θέση, ενώ την επόμενη χρονιά υποβιβάζεται στην Α2 τερματίζοντας στην 11η θέση της βαθμολογίας. Το ξεκίνημα της περιόδου 2008/09 βρίσκει την ομάδα να χτίζεται σχεδόν από την αρχή, και στο τέλος να κερδίζει το πρωτάθλημα και ταυτόχρονα την άνοδο στην Α1.